A vigilância ao tráfico de ouro através do rio Doce é que deu origem ao Povoado de Coutins, onde, em 1800, foi implantado o Quartel Militar, com o mesmo nome, que fazia a proteção da navegação do rio Doce. Os índios do grupo Botocudo, nação Gê ou Tapuia, primeiros donos da terra, resistiam tenazmente a qualquer colonização branca na área e assim o fizeram, até que armas superiores às suas os dizimaram totalmente.
Naquela época toda área da região era coberta pela Mata Atlântica, que aos poucos, e no decorrer de um século, foi devastada dando lugar a povoamentos, pastoreio e agricultura.
O primeiro povoado foi inteiramente destruído por ataques dos índios botocudos. E em 1809, outro povoado foi levantado no mesmo lugar, recebendo o nome de Linhares, em homenagem a Dom Rodrigo de Sousa Coutinho, o conde de Linhares. O povoado ficava situado num platô em forma de meia-lua, às margens do rio Doce. No leste e no oeste do povoado ficavam situados dois quartéis militares para avisar a população de prováveis ataques dos indígenas: um quartel estava situado onde hoje é o Bairro Aviso (daí o nome). O outro, localizava-se nas proximidades de onde fica hoje o Colégio Estadual.
Em 1819, é feita, por ordem de Francisco Alberto Rubim, uma "Vista e Perspectiva do Povoado de Linhares", e nela, vê-se também a Primeira Igreja, construída sob o patrocínio de Rubim. O povoado foi construído em volta de uma praça quadrada (atual Praça 22 de Agosto), que guarda até hoje seu traçado original. Nessa praça que os índios dançavam e cantavam no passado.
Em abril de 1833, em execução a uma Provisão de Paço Imperial o povoado é elevado a condição de vila, sendo sede do município do mesmo nome - Linhares - sob a proteção de N. S. da Conceição. Provisão de Paço corresponde, hoje, a um decreto do Presidente da República.

Em 22 de Agosto do mesmo ano, realizou-se a primeira sessão solene da Câmara de Vereadores do Município de Linhares, dando "início a sua vida político - administrativa". Nessa época, o Brasil era Império, o Espírito Santo uma Província, e era Vila, a sede dos municípios; não existindo Prefeito, os municípios eram administrados pela Câmara de Vereadores.
O território do município de Linhares abrangia os que são hoje os municípios de Linhares, Rio Bananal, Colatina, Baixo Guandu, Pancas, São Gabriel da Palha, Sooretama e partes de Ibiraçu, Santa Teresa e Itaguaçu.
No final do século XIX, a Vila de Linhares entra em decadência e o povoado de Colatina, que pertencia ao município de Linhares, conhece rápido crescimento graças à colonização italiana com o plantio de café e a inauguração dos trilhos da Estrada de Ferro Vitória - Minas. Assim, por decreto de 30 de dezembro de 1921, ficou criado o município de Colatina, englobando a vila e o antigo município de Linhares. Esse fato contribuiu mais ainda com a decadência de Linhares verificada durante os 22 anos seguintes.
m 1930, começam a chegar em Linhares os trabalhos de abertura de uma estrada, ligando-a a Vitória, para o sul e depois, ao norte, até São Mateus. Este fato, somado ao trabalho de linharenses junto ao Governo do Estado, faz com que a situação se transforme. No dia 31 de dezembro de 1943, por decisão do Governo do Estado, o município de Linhares foi restabelecido e desligado do município de Colatina. O fato foi muito festejado pelos linharenses, que passam a contar com seu primeiro prefeito nomeado: Dr. Roberto Calmon. A partir de 1943, a escalada do desenvolvimento de Linhares não é mais detida.